Neji est né au sein du clan Hyûga de Konoha, dans la branche secondaire, la Bunke. Fils de Hizashi Hyûga et cousin et neveu d'Hanabi et Hiashi Hyûga.
L'OISEAU EN CAGE
Ceci c'était passé le jour du troisième anniversaire de Hyûga Hinata, en effet Hiashi, père d'Hinata avait décider qu'il serait temps pour Neji, en tant que membre de la Bunke de lui apposé le sceau de la branche secondaire, faisant de lui le serviteur de la Soke.
Kumo, qui avait fait un traité de paix avec Konoha, avait créer cette mascarade pour s'emparer du secret du Byakugan. L'ambassadeur de Kumo après avoir pénétrer le village essaya d'enlever Hinata mais se fit tuer sur le coup. Le village des nuages après avoir eu connaissance du meurtre, demanda réparation à Konoha en leur demandant le cadavre d'Hiashi, une autre tentative pour s'emparer du Byakugan. Mais le père de Neji fût contraint de se faire passer pour son frère, ce qui changea complètement Neji, mais au fil du temps il se remit de son décès et changea sa tristesse en haine.
Après avoir été promu Genin en tant que génie, Neji intégra l'équipe 9 de Gaï Maito, avec Tenten et Rock Lee à ses côtés, ce dernier se confronta de nombreuses fois face à Neji, mais n'essuya que d'amers défaites. C'est un après leurs promotions que GaÏ les inscrivit à l'Examen de Sélections des Chuunin.
C'était aujourd'hui, c'était aujourd'hui que l'Examen des Chuunin avait débuté, nombreuses étaient les équipes à se présenter, Konoha était bien évidemment en supériorité numérique. La première épreuve était une épreuve écrite, qui consistait en faite à pouvoir rassembler des informations, ou bien y répondre soi-même, ce qui ne fût pas simple. Neji lui utilisa son Byakugan pour trouver les réponses, Tenten elle, a su trouver un stratagème pour les trouver et les donner a Lee.
Lors de la deuxième épreuve, le parchemin du ciel fût attribué à l'Equipe 9. Entrés dans la forêt, ils se dispersèrent à la recherche de proies faciles, Neji se retrouva face à l'Equipe 10, mais s'en détourna. Lee restait introuvable, il partit alors avec Tenten à sa recherche, ils le trouvèrent à terre, à cause d'un combat qu'il a mené contre la Team Dosu. Sasuke s'occupa de l'Equipe d'Oto, l'Equipe 9 réussira sans problème la fin de l'épreuve.
A la suite de l'épreuve des préliminaires furent organisés. Neji s'opposa à Hinata, elle ne fut guère le poids, elle se blessa gravement mais elle a été sauvée par des Juunin. Ses deux coéquipiers ne participèrent pas à la dernière épreuve, Temari, membre de la Fratrie du Sable, n'eût aucun problème à battre Tenten. Gaara et Lee menèrent un combat acharné mais ce dernier se fera gravement blessé, au final cinq Genin de Konoha, trois Sunajin et un seul ninja d'Oto réussirent à se qualifier pour la troisième et dernière épreuve.
C'est un mois plus tard qu'elle eut lieu. Neji ouvrit le tournoi face à Uzumaki Naruto. Le petit génie prit facilement le dessus, grâce à son Byakugan et au Jûken. Mais il se fera devancer lorsque Naruto fut enveloppé par un chakra orangé, alors que celui-ci devait être bloqué. Il lança une attaque fatale, mais Neji la contra de justesse grâce au tourbillon divin. C'est alors qu'il pensait en avoir finit du combat que Naruto surgit du sol pour lui asséner le dernier coup. "Le pouvoir caché du raté" pensa Neji. Le "raté" avait vaincu le génie du clan Hyûga.
Voilà qu'après son combat Neji fut placé en salle de repos où Hiashi le rejoigne, il lui tendit un parchemin, un parchemin rédigé par son défunt père et c'est a ce moment qu'il comprit enfin, Hizashi avait lui-même choisi de jouer la doublure de son frère. Il réfléchit un long moment puis fini par s'endormir, sans savoir qu'un évènement tragique s'était passé.
Le village avait subit un assaut de la part de Suna, mené en fait par Orochimaru qui s'était fait passé pour le Kazekage. C'est a bout d'un combat épique que le Hokage donna sa vie pour le village. Le lendemain de la catastrophe, les funérailles du Troisième Hokage et des autres ninjas tués eut lieu.
Neji changea beaucoup depuis son combat face à Naruto. Il accompagna Shikamaru et le reste de l'équipe chargée de récupérer Sasuke. Il mena un combat face à Kidomaru (car il était le seul à pouvoir couper ses toiles) pour laisser le temps à ses camarades de rattraper Sasuke, entre les araignées qu'il invoquait et ses armes qu'il créait lui-même, il se fît devancer mais il voulait se racheter. Proche de la mort, il prit son courage a demain et lui porta le coup fatale, et il s’effondra, souriant et heureux.
La Cinquième Hokage Tsunade, usa de ses talents de médecine pour soigner Choji, Neji et Akamaru, gravement blessés. Naruto n'avait pas réussi a ramener Sasuke. Tout ça pour rien...
3 ans été passés, Des petites missions basiques à ses promotions Chuunin et Juunin, en passant évidemment par la formation d'Hinata, ce qui renoua leur lien fraternel. Après le retour de Naruto (au grand plaisir de Neji) l'Akatsuki avait capturer Gaara, à présent Kazekage. l'Equipe Gaï porta secours a l'Equipe 7, après avoir vaincu un clone d'Hoshigaki Kisame. L'entrée du repère de l'Akatsuki était protéger par quatre sceaux que l'Equipe 9 désactiva. Mais une fois fait, leur propre clone apparut, étant de force égales, ils eurent beaucoup de mal a s'en défaire. Mais la mission se solda par une réussite, ils avaient réussis à sauver le Kazekage.
Alors que Pain avait attaqué le village, l'Equipe 9 venait de rentrer de mission qu'ils virent le village dévasté. Ils trouvèrent Gamabunta, qui les informa de la situation. Mais Naruto avait sauvé le village. Il avait exterminé les six Pain et ressusciter les ninjas mort après avoir convaincu Nagato.
Neji mesure 1m60 pour 48 kg, il a les yeux blanc, avec un léger teint violet, les veines autours apparaissent lorsqu'il active le Byakugan. Il a également une longue chevelure uniforme, attachée au bout. Il s'accoutre de son bandeau frontal noir par-dessus son sceau. Il se vêtit un gilet beige fermé jusqu'au cou et un bermuda accompagné de son étui à kunai sur son mollet droit, il porte des bandages sur le bras et la jambe droite et des chaussures ninjas standards bleus.
Au cours de ces 3 années il prit 18 cm et 16 kg. Il troqua son gilet et son short par une sorte de kimono boutonné au milieu avec un pantalon assortit et un tablier par dessus.
Il changea également ses chaussures, qui passèrent du bleu au noir.
Neji est un personnage froid, solitaire, calme et un peu vantard, la mort de son père l'a anéanti : pour lui, la Soke était responsable du décès de son père. La haine le ravageait, lui qui devait protéger la branche principale, il n'a pas retenu ses coups lors de son combat avec sa cousine. Mais Naruto lui, a montré que n'importe qui peut changer son destin, il lui a fait une promesse : il changerait le destin du clan Hyûga pour Neji.
Mais c'est depuis la Mission de Récupération de Sasuke qu'il changea vraiment, il était plus gentil et attentionné. Il changea aussi son comportement envers Hinata, lui qui la haïssait, il a accepté de l'entraîner.